сталкиваюсь с аналогичной проблемой время от времени,
мне помогает сразу после тренировки ногу под холодный душ, + иногда противовоспалительная мазь, а также стараюсь просто, по жизни ходить в мягкой обуви.
Еще ахилл у меня начинает болеть, когда кроссовки утратили амортизационные свойства или анатомически не подошли. Если есть возможность, попробуйте сравнить ощущения в разных кроссовках.
купил себе раз новые адидас, первый раз бегу - через полчаса начинает болеть ахилл, и косточка внутри стопы (не знаю, как она называется), думаю, ладно может, травмировался немного, или просто совпало, на следующую тренировку одеваю райдер 15 - все нормально, ну раз нормально, следующую бегу темповую в марафонках (ронин 5) – все ок. Опять бегу в адидасах боль возвращается, еще раз попробовал в этой модели пробежаться, ну может, думаю, не притоптались, нет.., отдал в итоге эту пару.