Колени болят из-за приземления на пятку во время бега. Происходит троекратное увеличение нагрузки на коленные суставы. Попробуйте снять ваш бег на видео и посмотреть, если так, то надо тренироваться приземляться на переднюю часть стопы. Советую прочитать вот эту книгу.